复合菌种一般是指两种菌以上的菌种。一般要求菌种在发酵过程中，不要有拮抗作用，同时对于营养成分的要求要比较相近。再就是菌种生长过程中，生长速度不要有太大的差距，避免一种菌长得过快，消耗过多的营养成分，而另外一种菌因为营养匮乏而长不起来。
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